清军入关，统一全国

　　1635年，清太宗皇太极废除旧有族名“诸申”（女真），定族名为“满洲”。1636年，清降服漠南蒙古。同年皇太极称帝且改“金”国号为“清”，正式建立清朝，改年号为崇德。
　　1640年，明清松锦之战爆发，1642年洪承畴在松山被俘，祖大寿在锦州投降。松锦之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。
　　1644年，李自成率领的大顺军攻陷北京，明朝崇祯帝在农民军的攻城炮声中自杀于皇城后的景山。驻守山海关的明将吴三桂降清。清摄政王多尔衮指挥八旗劲旅，兼程入关，以吴三桂为前导，击败大顺农民军，进占北京。同年清顺治帝迁都北京，祭告天地祖宗，表示他已是全中国的君主。

　　接着，清军南下剿杀农民军，北方的地主、官僚纷纷迎降，勾结清军，镇压农民军。与此同时，在南方，一些明朝遗臣拥立皇族建立几个小朝廷，史称南明（弘光、隆武、绍武、永历）。此外还有李自成的大顺、张献忠的大西政权。清朝于1645年灭大顺、南明弘光；1646年灭大西、南明隆武、南明绍武；1662年灭南明永历；1664年消灭大顺残余势力。清朝入关后历经20多年的战争，基本统一全国。
　　李自成死后，余部与明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联明抗清。1647年大败清军于全州，次年几乎收复湖南全境。江西金声桓和在广州李成栋先后反正，出现了南明时期第一次抗清斗争的高潮。但永历政权不能团结对敌，给了清军以喘息之机。1649—1650年，何腾蛟、瞿式耜先后牺牲。1652年，李定国率军8万东出广西，下桂林，又攻入湖南、广东，“两蹶名王，天下震动”。刘文秀亦出击四川，克复川南。东南沿海的张煌言等的抗清军队也发动攻势，抗清斗争再次出现高潮。这时孙可望同李定国之间矛盾爆发，破坏了大好形势。孙可望降清后，云贵虚实尽为清军所知。1658年，吴三桂率清军攻入云南，1662年南明永历帝被杀，南明灭亡。
　　清军进军江南的过程中，无恶不作，激起江南人民的强烈反抗，特别是剃发令强制执行，各地燃起抗清的熊熊烈火。清廷残酷镇压，在扬州、嘉定、江阴等地进行了大肆屠城，史称“扬州十日，嘉定三屠”。此后清军各地“剃发易服”，造成人口骤减，发生西南地区民生萧条、万里无人的景象。1659年，清军占领西南地区。并迁移湖广人口填川，以补充劳动力的不足，视为历史上的第二次“湖广填四川”。
　　明延平王郑成功在1661年收复了当时为荷兰殖民地的台湾。永历帝被害后，郑成功之子郑经继续使用南明永历年号，尊前明宁靖王朱术桂为监国。1683年，清朝统一台湾，1684年设立台湾府。